406 Gie - MGP43

Pour relancer les ventes de ce véhicule, la 406 fut restylée en février 1999. Ce restylage affecta principalement la face avant, les feux arrières ainsi que la malle et, plus légèrement, la planche de bord. Le multiplexage fut introduit fin 2001, avec par exemple l'allumage automatique des phares.
La 406 inaugure pour certaines motorisations (2 l) la nouvelle boîte de vitesses automatique AL4 à quatre rapports, à gestion électronique. Cette boîte de vitesses automatique à été la première étudiée par Renault et PSA pour se créer une indépendance économique par rapport à ZF qui fournit cependant la boîte automatique de la motorisation V6. La boîte AL4 est auto-adaptative, c'est-à-dire qu'elle réagit et s'adapte au comportement du conducteur grâce à un calculateur fonctionnant en logique floue.
La 406 avec son nouveau moteur V6 à 60 degrés remplaçant au sein du groupe PSA l'antique PRV à 90 degrés est le véhicule « star » de la trilogie Taxi de Luc Besson. En 2003, PSA a annoncé avoir vendu un peu plus de 1,5 million de voitures du modèle 406.
Elle a été remplacée en 2004 par le modèle 407. Elle reste néanmoins encore produite en CKD par la PAN, au Nigéria.